Συνοπτικό Βιογραφικό Σημείωμα

Ο Δρ. Λευτέρης Κουμάκης είναι Συνεργαζόμενος Ερευνητής στο Εργαστήριο Υπολογιστικής Βιο-Ιατρικής του Ινστιτούτου Πληροφορικής (ΙΠ) του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ). Κάτοχος πτυχίου Επιστήμης Υπολογιστών με μεταπτυχιακό στον τομέα της Μηχανικής Μάθησης και Διδάκτωρ του Πολυτεχνείου Κρήτης με αντικείμενο διδακτορικής διατριβής την εξόρυξη γνώσης από βιολογικά δεδομένα. Από το 2015 υπηρετεί ως Εθνικός Εκπρόσωπος στην Ευρωπαϊκή Ερευνητική Υποδομή Βιοτραπεζών σε θέματα πληροφορικής και ολοκλήρωσης της πληροφορίας (BBMRI-ERIC CS IT) και είναι υπεύθυνος της αρχιτεκτονικής τεχνολογίας πληροφοριών για τον Ελληνικό κόμβο και το εθνικό δίκτυο Βιοτραπεζών. Εχει σχεδιάσει και υλοποιήσει την διαδικτυακή εφαρμογή MinePath (www.minepath.org), μια διαδραστική πλατφόρμα για την αναγνώριση σε πραγματικό χρόνο των διαφορικά εκφρασμένων υπο-μονοπατιών σε γονιδιακά ρυθμιστικά δίκτυα. Έχει δημοσιεύσει πάνω από 80 άρθρα σε σχετικά επιστημονικά περιοδικά και συνέδρια.

Ερευνητικά ενδιαφέροντα

• Computational Biology

• Machine Learning

• Health informatics

• Natural language processing

Συμμετοχή σε Ερευνητικά προγράμματα

• MyPal – Fostering Palliative Care of Adults and Children with Cancer through Advanced Patient Reported Outcome Systems. H2020-SC1-2018-Single-Stage-RTD - SC1-BHC-23-2018 No. 825872 (WP leader on behalf of CBML)

• BBMRI-gr - Στρατηγική Επέκτασης της Ελληνικής Υποδομής Βιοτραπεζών. ΕΝΙΣΧΥΣΗ ΤΩΝ ΥΠΟΔΟΜΩΝ ΕΡΕΥΝΑΣ ΚΑΙ ΚΑΙΝΟΤΟΜΙΑΣ – Β' ΚΥΚΛΟΣ (Software Architect of the project)

• IDAology - Livestock farming culture in Ida communities (Psiloritis Geopark) as a reality coverage experience and digital repository of Intangible Cultural Heritage of the mountain. RESEARCH – CREATE – INNOVATE No. Τ2ΕΔΚ-03995 (WP leader on behalf of CBML)

• Loock Me – An intelligent, deep learning enhanced multimedia platform for automated indexing, storage, searching and retrieval of locations to filming (shoot) RESEARCH – CREATE – INNOVATE No. Τ2ΕΔΚ-01346

• OpenBioC - AN OPEN AND INTEGRATED COLLABORATIVE BIOINFORMATICS PLATFORM. RESEARCH – CREATE – INNOVATE No. Τ1ΕΔȀ-05275

• BOUNCE - Predicting Effective Adaptation to Breast Cancer to Help Women to BOUNCE Back. H2020-SC1-2017-CNECT-2 No. 777167

• iManageCancer - Empowering patients and strengthening self-management in cancer diseases. H2020-PHC-26-2014 No. 643529 (Scientific coordinator on behalf of CBML)

• EURECA - Enabling information re-Use by linking clinical REsearch and Care, FP7-ICT-2011.7 No 288048 (WP leader on behalf of CBML)

• ENCCA - EUROPEAN NETWORK for CANCER research in CHILDREN and ADOLESCENTS, FP7-HEALTH-F2-2011 No. 261474

• P-MEDICINE - From data sharing and integration via VPH models to personalized medicine, FP7-ICT-2009.5.3, No 270089

• REACTION - Remote Accessibility to Diabetes Management and Therapy in Operational Healthcare Networks, FP7-IP-No 248590

• GEN2PHEN - Genotype-to-Phenotype Databases: A Holistic Solution, EU-FP7-HEALTH-200754

• INFOBIOMED - Structuring European Biomedical Informatics to Support Individualized Healthcare EU-FP6-IST-507585

• ACGT - Advancing Clinico-Genomic Clinical Trials on Cancer: Open Grid Services for Improving Medical Knowledge Discovery, EU-FP6-IST-026996

• MIMP - Development of curriculum for a Masters degree in Medical Informatics in Egypt, TEMPUS JEP-31053-2003

• WS-TALK - Web Services Communicating in the Language of Their User Community, EU-FP6-COOP-CT-00602615

• PROGNOCHIP - Development and Establishment of DNA Microarray Technology in Greece: Identification and Validation of Classification and Prognosis Molecular Markers for Breast Cancer, GSRT/Greece-EPAN

• IRAIA - Getting orientation in complex information spaces as an emergent behaviour of autonomous information agents, IST/ 1999-10602