Το Κέντρο Εφαρμογών και Υπηρεσιών Ηλεκτρονικής Υγείας ως αυτόνομη παραγωγική δραστηριότητα ιδρύθηκε το 2010 και αποτελεί μετεξέλιξη της δραστηριότητας που ίδρυσε το 1985 ο καθηγητής Στέλιος Ορφανουδάκης (1948 - 2005). Το αρχικό όνομα ήταν «Κέντρο Ιατρικής Πληροφορικής και Τηλεματικών Εφαρμογών στην Υγεία», το οποίο με μεταγενέστερες αλλαγές και επεκτάσεις μετονομάστηκε αρχικά σε «Εργαστήριο Ηλεκτρονικής Υγείας» και αργότερα σε «Εργαστήριο Βιοϊατρικής Πληροφορικής». Αντικείμενο της δραστηριότητας αποτέλεσε εξαρχής η βασική και εφαρμοσμένη έρευνα στην Ιατρική Πληροφορική με έμφαση την ανάπτυξη ολοκληρωμένων δικτύων παροχής υπηρεσιών ηλεκτρονικής υγείας.
Μέσα από τη συμμετοχή σε μεγάλο αριθμό από ευρωπαϊκά, ερευνητικά έργα και διεθνείς συνεργασίες αναπτύχθηκε μία σειρά από τεχνολογίες οι οποίες σήμερα βρίσκουν εφαρμογή στο χώρο της υγείας.
Σημαντικό Σταθμό στην πορεία του Κέντρου αποτέλεσε η υλοποίηση του HYGEIAnet του πρώτου ολοκληρωμένου περιφερειακού δικτύου που περιελάμβανε όλους τους Φορείς Υγείας της Κρήτης καθώς και το ΕΚΑΒ Κρήτης, κι αποτέλεσε τον πρόδρομο των σημερινών εφαρμογών.
Ένας ακόμη σημαντικός σταθμός στην ιστορία του Κέντρου υπήρξε η επιτυχής ολοκλήρωση της υλοποίησης των Ολοκληρωμένων Πληροφοριακών Συστημάτων Υγείας για την 1η Υγειονομική Περιφέρεια Αττικής, τη 2η Υγειονομική Περιφέρεια Πειραιώς και Αιγαίου και την 6η Υγειονομική Περιφέρεια Πελοποννήσου, Ιονίων Νήσων, Ηπείρου και Δυτικής Ελλάδας.
